| 序号 | 单位名称 |
| 1 | 北京市水务局机关本级 |
| 2 | 北京市南水北调工程执法大队 |
| 3 | 北京水利水电学校 |
| 4 | 北京市水文总站 |
| 5 | 北京市水务局老干部活动站 |
| 6 | 北京市水务应急中心 |
| 7 | 北京市水务局后勤服务中心 |
| 8 | 北京市水政监察大队 |
| 9 | 北京市水务局党校 |
| 10 | 北京市东水西调管理处 |
| 11 | 北京市凉水河管理处 |
| 12 | 北京市排水管理事务中心 |
| 13 | 北京市永定河滞洪水库管理处 |
| 14 | 北京市遊戲資訊管理中心 |
| 15 | 北京市节约用水管理中心 |
| 16 | 北京市水库移民事务中心 |
| 17 | 北京市水务宣传中心 |
| 18 | 北京市水资源调度中心 |
| 19 | 北京市水影响评价中心 |
| 20 | 北京市西郊雨洪调蓄工程管理处 |
| 21 | 北京市南水北调信息中心 |
| 22 | 北京市南水北调工程拆迁办公室 |
| 23 | 北京市南水北调工程质量监督站 |
| 24 | 北京市南水北调调水运行管理中心 |
| 25 | 北京市南水北调南干渠管理处 |
| 26 | 北京市南水北调大宁管理处 |
| 27 | 北京市南水北调团城湖管理处 |
| 28 | 北京市南水北调东干渠管理处 |
| 29 | 北京市南水北调水质监测中心 |
| 30 | 北京市南水北调干线管理处 |
| 31 | 北京市水科学技术研究院 |
| 32 | 北京市水利自动化研究所 |
| 33 | 北京市水务局房屋管理中心 |
| 34 | 北京市北运河管理处 |
| 35 | 北京市永定河管理处 |
| 36 | 北京市潮白河管理处 |
| 37 | 北京水利医院 |
| 38 | 北京市密云水库医院 |
| 39 | 北京市水利工程质量与安全监督中心站 |
| 40 | 北京市水土保持工作总站 |
| 41 | 北京市水务工程建设与管理事务中心 |
| 42 | 北京市水务局资产管理事务中心 |
| 43 | 北京市十三陵水库管理处 |
| 44 | 北京市官厅水库管理处 |
| 45 | 北京市密云水库管理处 |
| 46 | 北京市京密引水管理处 |
| 47 | 北京市城市河湖管理处 |
| 48 | 北京市水务局幼儿园 |
| 49 | 北京市郊区水务事务中心 |
| 50 | 北京市水利规划设计研究院 |
| 51 | 北京市南水北调工程建设管理中心 |